首先，可以用插件Manually Sort Folders。在add-ons里面搜索插件名字即可找到，安装后在option中可以调整帐号顺序。

其次，可以自己修改代码实现。修改配置文件"C:\Users\你的用户\AppData\Roaming\Thunderbird\Profiles[类似xxx.default]\prefs.js"，找到这行 "user_pref("mail.accountmanager.accounts", "account1,account2,account3,account4");"，调整account的顺序即可。account的对应邮箱名可以在prefs.js下面找到。